水稻穗分化完成后，穗子开始从最后一张叶片即剑叶的叶鞘中伸出，露出谷粒，叫做破口。破口后稻穗继续伸长的过程叫抽穗，水稻群体抽穗10%为始穗期，抽穗80%为齐穗期。水稻破口初期是用药防治穗颈瘟的最关键时期，田间有稻株破口即可用药，用药时间推迟，穗颈瘟防效会下降，到齐穗期才开始用药防治，抽穗期遇到有利于穗颈瘟发生的天气条件时，穗颈瘟发生会很重。水稻抽穗期如有连续阴雨天气，要抢在雨前施药，或抓住雨停间隙施药防治，以免错过防治适期影响防效。

一般天气条件下，在水稻破口初期用足三环唑、稻瘟酰胺等内吸性强、持效期长的药防治一次，每亩用三环唑纯药20克左右，或每亩用稻瘟酰胺纯药16克左右，通常对穗颈瘟就有良好防效。综合考虑天气、人工等原因，也可以结合防治稻曲病将用药时间提早到水稻破口前5～7天；视天气等情况，在齐穗期再用一次药巩固防治效果；如果水稻抽穗期有特别适宜穗颈瘟发生的高湿多雨天气，则在破口期增加一次用药。在水稻破口前7天、破口期、齐穗期3次用药防治穗颈瘟，可以交替使用上述药剂，三环唑只有保护作用，最好安排在前面使用。抓住这3个时期用足高效药种，对穗颈瘟会有良好防效，保产效果显著。