嘧菌酯和吡唑嘧菌酯都是甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂，他们的分子结构相同，只是一些基团不同，同类的杀菌剂还有肟菌酯、啶氧菌酯、氟嘧菌酯、醚菌酯、醚菌胺、肟醚菌胺、苯氧菌胺、烯肟菌酯、烯肟菌胺、唑菌酯等十多个杀菌剂。

嘧菌酯和吡唑醚菌酯由于结构相同，作用作用方式也相同，作用位点相同，都是通过抑制真菌细胞色素bc1间的电子传递，从而抑制线粒体的呼吸作用使真菌细胞死亡，从而达到杀灭病菌的目的。

由于他们两个的结构相同，因此，他们防治的病害范围也基本相同。目前，嘧菌酯在我国25种农作物上取得登记，用于防治33种病害。吡唑醚菌酯在我国23种作物上取得登记，用于防治25种病害。

嘧菌酯和吡唑醚菌酯都具有很好的混配性，从登记证看，他们都可以与20多种杀虫、杀菌剂混配。

由于这两种杀菌剂作用于病菌的位点和杀菌方式都相同，他们之间存在交互抗性，一旦病菌对一个杀菌剂产生了抗性，对另一个杀菌剂也会产生相同的抗性

嘧菌酯和吡唑醚菌酯在抑制病菌呼吸作用的同时，都可以增加促进叶片的光合作用，增加叶片叶绿素的含量，促进植株对氮肥的吸收，降低植物的呼吸作用，从而达到提高植株的抗逆性，抗病性。可增加作物产量、改善品质。

嘧菌酯和吡唑醚菌酯由于都是高活性的呼吸抑制剂，施药后，在病菌侵入前后都有很好的杀灭作用，对作物提供全方位的防护作用。

嘧菌酯是上世纪90年代研发的杀菌剂，上市时间较早，病菌的抗药性相对较强；吡唑醚菌酯是2002年上市的一种新型杀菌剂，上市时间相对较晚，病菌抗药性较弱，单剂防治病害的效果相对较好。

嘧菌酯具有很强的渗透性和内吸性，药剂能从叶面正面快速渗透到叶片背面，并能在植株体内传导，具有正打反死的效果；吡唑醚菌酯只能在局部渗透，扩散性较好，因此，喷药时必须均匀周到才能达到较好的防治效果。

嘧菌酯由于具有很好的内吸传导性，能被根茎叶吸收，然后传递到植株的各个部位，进行杀灭病菌。不但能用于茎叶喷雾，还能用于拌种，灌根；吡唑醚菌酯没有内吸传导性，不能通过根系吸收传导，因此，吡唑醚菌酯只能用于茎叶喷雾。

嘧菌酯由于渗透性太强，在混配时不能与乳油、有机硅和有机磷等渗透性强的药剂混用，容易发生药害；吡唑醚菌酯能与所有剂型的药剂混配。

嘧菌酯由于渗透性很强，在作物的敏感时期很容易产生药害；吡唑醚菌酯相对安全性较高。只有个别作物在敏感时期容易产生轻度药害。