恶苗病从水稻苗期到抽穗期均可发生，一般以分蘖期发生最多。种子带菌是主要的侵染源，其次是病稻草。播种带菌种子或用病稻草做覆盖物，稻种萌发后病菌从芽鞘侵入引起发病。虽然恶苗病病菌能引起再侵染，但病菌主要在前期即水稻芽鞘期侵入，以后在田间病菌侵染健康稻苗的可能性很小。在播种前用药处理种子是防治该病最有效的措施。

咪鲜胺是防治水稻恶苗病的常用药，该药在我省（江苏）用于水稻种子处理的时间已超过10年，部分地区的恶苗病病菌对该药的抗性增强，防效逐渐下降。据相关部门监测，部分地区恶苗病病菌对咪鲜胺产生抗药性的菌株频率高达50%～85%。这些地区防治水稻恶苗病要及时调整药种，可选用氰烯菌酯、咯菌腈、戊唑醇、乙蒜素、噁霉灵等药拌种或浸种。