井冈霉素是长期用于水稻纹枯病防治的主要药剂，使用30多年来，纹枯病对该药的抗药性有所上升，部分稻区可能出现了抗性很强的病菌；又因其控制纹枯病的持效期一般只有7天左右，在大发生年份或者发病重的田块，需要多次用药才能取得较好的防治效果，因此，可以考虑采用其他有效药剂。
    满穗（240克/升噻呋酰胺悬浮剂）  杀菌机理与井冈霉素和唑类杀菌剂不同，主要是抑制病原真菌三羧酸循环中的琥珀酸去氢酶，导致菌体死亡。该杀菌剂具有较强的内吸作用，兼有预防和治疗作用，防效高，持效期长达30天左右，对水稻安全性好。一般在水稻抽穗前20天或发病初期，每亩用满穗20毫升对水30公斤喷雾，用药剂量范围为15～22.5毫升。
    好力克（43%戊唑醇悬浮剂）  药剂可迅速通过植物叶片和根系吸收，并在体内传导和均匀分布，抑制病菌体内甾醇的脱甲基化，阻碍生物膜形成发挥杀菌作用。具有预防、治疗和铲除作用，杀菌谱广、活性高，使用剂量低，持效期长，并能促进水稻生长，防止后期早衰，增加产量和改善谷粒品质。防治水稻纹枯病可以在分蘖盛期用1次药，每亩用药量为12～15毫升。配制药液时，先向喷雾器中注入少量水，然后加入使用量药剂，充分搅拌溶解，最后加足水（每亩30～40公斤）水喷雾。
    申嗪霉素（1%申嗪霉素悬浮剂）  该药为抗菌素药剂，能抑制植物病原菌和促进植物生长，杀菌谱广，能有效防治纹枯病、稻瘟病、稻曲病等多种病害，也可防治蔬菜及果树上的多种真菌性病害及土传病害，使用时可在纹枯病发病初期，每亩用1%申嗪霉素悬浮剂60～80毫升，对水45公斤喷雾效果好。
    金力士（250克/升丙环唑乳油）  为三唑类杀菌剂，其作用机理是抑制真菌体内单加氧酶的活性，破坏麦角甾醇的合成，导致细胞膜损伤而致病菌死亡。目前市场上有国产和进口的两种类型。国产的每亩纯药使用量为6.25～7.5毫升，进口的每亩纯药为5～10克，对水稻纹枯病有良好的防治效果。在纹枯病发病初期每亩用药量为25毫升，对水40公斤喷雾；在病害发生较重时每亩用药量为30毫升，对水40公斤喷雾，在水稻抽穗前后，为防止影响 水稻抽穗和灌浆结实，应避免一次性超量用药，两次用药间隔期宜在7天以上。
    15%井冈·丙环唑可湿性粉剂  由井冈霉素A和丙环唑混配而成，对纹枯病的防治效果好，并能克服单用井冈霉素持效期短的问题。药物可被水稻的根、茎、叶吸收，并在植株体内向上传导，具有用量低、防治效果好等特点。经多年田间试验结果表明，每亩用15%井冈·丙环唑可湿性粉剂20～35克，对水稻纹枯病的防效达81.4%～86%，掌握在发病初期施药，施药时田间保持3～6厘米的水层。