为明确小麦茎基腐病的病原组成及优势菌群，山东农业大学植物保护学院研究人员自济南、泰安、德州、潍坊、烟台、聊城、菏泽、临沂等8个地区，共采集200余份小麦茎基腐病发病样本，分离获得224个菌株，从中选取190个代表性菌株，对其EF-1α序列进行分析，鉴定其所属类群并测定了不同病原菌的致病性。

结果表明，190个菌株中包含142株假禾谷镰孢菌（Fusarium pseudograminearum）、35株禾谷镰孢菌（F. graminearum）、6株轮枝镰孢菌（F. verticillioides）和7株层出镰孢菌（F. proliferatum），假禾谷镰孢菌占鉴定菌株的74.7%，是小麦茎基腐病的优势病原菌。致病性测定结果表明，分离得到的不同种镰孢菌均对小麦植株具有致病力，但假禾谷镰孢菌致病力最强。

截至目前，尚未有农药产品在我国登记防治小麦茎基腐病。