对于靶斑病的防治，应采取“预防为主，综合防治”的植保方针，将农业防治和药剂防治相结合。
农业防治
一是适时轮作。发病田应与非寄主作物进行2～3年或更长时间的轮作，可减少初侵染源。二是选育抗病品种。如津春3号、津优3号、津优35号、津优38号、农友118、冬美2-1、花青大吊瓜等为抗病品种。三是种子消毒。该病菌的致死温度为55℃，十分钟，所以可采用温汤浸种的办法：种子用常温水浸种15分钟后，转入55～60℃热水中浸种10～15分钟，并不断搅拌，然后让水温降至30℃，继续浸种3～4小时，捞起沥干后置于25～28℃处催芽，经1.5～2.0天，胚根初露即可播种，可有效消除种内病菌。用温汤浸种最好结合药液浸种，杀菌效果更好。如用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种20分钟，然后催芽；用种子重量0.4%的40%福美双、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂拌种。四是大棚消毒。温室大棚内可用45%百菌清烟雾剂250克/亩或喷撒5%百菌清粉尘剂1公斤/亩，隔10天左右喷l次，连续喷2～3次。也可根据病情变化掌握喷药次数。阴天保护地宜选择烟雾剂或粉尘剂，注意轮换交替用药。上茬黄瓜拉秧后，利用硫磺熏蒸消毒，以减少下茬黄瓜初侵染源。五是加强栽培管理，提高植株抗性。在上茬黄瓜拉秧后，及时清除病残体，包括病蔓、病叶、病株，进行高温腐沤或带出田外烧毁，减少初侵染源。
药剂防治
目前我国对靶斑病有效防治药剂方面相关研究还较少，农药登记也仅有青岛泰生35%苯甲·咪鲜胺（达靶）水乳剂，登记用量为60～80克/亩。发病前可用50%福美双可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液等喷雾预防，每隔7～10天喷一次。发病初期用45%咪鲜胺微乳剂水分散粒剂1,500倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1,000倍液，或10%氟硅唑水乳剂1,500倍液，或20%噻唑锌悬浮剂300～500倍液，或25%嘧菌酯悬浮剂1,500倍液，或43%戊唑醇悬浮剂3,000倍液，或60%唑醚·代森联水分散粒剂750倍液，或20%烯肟·戊唑醇悬浮剂1,500倍液等喷雾防治，每隔5～7天喷一次，连续防治2～3次，发病严重时可加喷铜制剂，如77%可杀得可湿性粉剂600～800倍液，33.5%喹啉铜悬浮剂800倍液。在药液中加入适量硼元素等叶面肥效果更好。
