硝磺草酮在玉米田施用，药物能在土壤中快速降解，最终代谢为二氧化碳，在土壤中的半衰期平均为9天，对后茬作物相对比较安全。但大面积生产实践和有关试验表明，硝磺草酮不当使用引起较高的土壤残留，会对后茬西葫芦、向日葵等作物产生不良影响。
    据东北农业大学农学院滕春红等人撰写的《硝磺草酮对轮作中后茬作物安全性的影响》一文报道，硝磺草酮于2006年在我国东北地区推广销售，成为玉米田最受欢迎的除草剂品种之一。在近几年推广使用中先后发现，不论是苗前土壤处理，还是苗后茎叶喷雾，均存在土壤残留伤害后茬敏感作物的问题。美国俄亥俄、加拿大安大略、我国黑龙江省齐齐哈尔及内蒙古扎兰屯地区，都曾出现过玉米后茬作物如大豆、小麦、蔬菜、棉花、向日葵等受残留硝磺草酮伤害的问题，导致作物减产，最严重的减产达50%。
    据盆栽试验，在硝磺草酮模拟残留量（有效量）分别为1、2.5、5、10、15和20克/公顷的土壤上播种大豆、向日葵和西葫芦，结果表明，硝磺草酮土壤残留对西葫芦的抑制作用最强，其次为向日葵，对大豆的抑制作用较小。
    硝磺草酮在土壤中的残留量超过15克/公顷时，对西葫芦有明显的药害，影响西葫芦出苗。硝磺草酮残留对西葫芦生长有明显的抑制作用，抑制作用随药物残留量的增加和时间的延长而增强。西葫芦播种后15天，产生明显药害，症状是白化或黄化，失绿，然后坏死。硝磺草酮残留使植株矮化，叶宽和鲜重减小，抑制程度随药液残留量的增加而增加。播种后28天，硝磺草酮对西葫芦的抑制作用更加明显，药害程度达34%～80%，对株高和鲜重的抑制程度随药物残留量增加而增加，药物残留量达20克/公顷时，对西葫芦株高和鲜重的抑制率分别达65%和94%。
    硝磺草酮在土壤中的残留量超过15克/公顷时，对向日葵有明显药害，影响向日葵出苗。
    土壤中硝磺草酮残留量超过5克/公顷时，向日葵播种后15天，其生长受到明显的抑制，药害症状是白化或黄化，失绿，然后坏死，植株矮化，叶宽和鲜重减小。
 硝磺草酮在土壤中的残留量为1～20克/公顷时，不显著影响大豆出苗。土壤中药物残留量超过10克/公顷时，大豆播种后15天，其生长受到明显抑制，药害症状是白化或黄化，失绿；植株矮化，叶宽减小。但随着大豆生长，抑制作用逐渐减小。播种后28天，大豆生长基本不受抑制。
    另据有关资料，硝磺草酮在土壤中能被微生物迅速降解，对后茬作物较安全。在正常农作条件下半衰期为5～15天，一般不会对后茬作物造成不良影响。施药后种植小粒谷物，要间隔12个月。北方高寒地区土壤有机质较低的沙质土，施药后下种植大豆、向日葵、菜豆、芸豆、红小豆，需间隔24个月。