根腐病在小麦各生育期均可发生，可危害植株各部位，表现根部腐烂、叶片出现病斑、茎枯死、穗颈枯死等症状。苗期发病，小麦芽鞘和根部变褐色甚至腐烂。发病轻的植株生长细弱，不久枯死；发病严重的幼芽不能出土便枯死。分蘖期病株根颈部出现褐色病斑，叶鞘也变褐腐烂，无效分蘖增多、丛生，严重时幼苗枯死。生长后期发病，病株易拔起，但不见根系腐烂，引起倒伏和形成“白穗”。春季气温不稳定，返青期遇寒流，麦苗受冻后抗病能力下降，易诱发根腐病，造成大量死苗。
    小麦根腐病易防难治，应以预防为主，播前用药拌种是预防该病的最有效措施。目前有多个种衣剂产品登记用于防治小麦根腐病，如瑞士先正达作物保护有限公司（电话：400-881-2568）的25克/升咯菌腈悬浮种衣剂（每100公斤麦种用纯药3.75～5克包衣种子）、新疆锦华农药有限公司（电话：0994-5829056）的23%戊唑·福美双悬浮种衣剂（含福美双22%、戊唑醇1%，按药种比1∶400～550包衣种子）、黑龙江省新兴农药有限责任公司（电话：0451-86671254）的50%唑酮·福美双种衣剂（含福美双40%、三唑酮10%，每100公斤麦种用纯药100～125克包衣种子）、安徽丰乐农化有限责任公司（电话：0551-5360938）的15%多·福悬浮种衣剂（含福美双7%、多菌灵8%，按药种比1∶60～80包衣种子）等。四川红种子高新农业有限责任公司（电话：028-82637688）的24%唑醇·福美双悬浮种衣剂，含福美双21%、三唑醇3%，登记用于小麦包衣种子防治锈病和黑穗病，用该药按药种比1∶50包衣种子，对小麦根腐病也有良好防效。此外，还可以选用异菌脲、萎锈·福美双等药拌种。
    另外，田间发现小麦根腐病病株后应及时用药治疗，可以在发病初期，选用烯唑醇、丙环唑、三唑酮、井冈霉素、多菌灵、甲基硫菌灵等药喷雾防治。喷药应喷匀、喷透，使药液充分接触根、茎。