井冈霉素、咪鲜胺、噻呋酰胺以及己唑醇、戊唑醇、氟环唑、烯唑醇、丙环唑、苯醚甲环唑等唑类杀菌剂等，均可用于防治水稻纹枯病，均有预防和治疗效果，是目前生产上防治水稻纹枯病的常用药种。其中井冈霉素持效期较短，一般在7天左右；咪鲜胺和己唑醇、戊唑醇、氟环唑、丙环唑、苯醚甲环唑等唑类杀菌剂持效期较长，一般在10～15天；噻呋酰胺对纹枯病防治效果好，持效期长达30天左右。肟菌酯、烯肟菌胺与戊唑醇的混配剂杀菌谱宽，持效期长，不仅防治纹枯病效果好，适期使用还能兼治稻曲病、稻瘟病等病害。
    在水稻分蘖末期，水稻纹枯病发生初期，宜使用唑类杀菌剂等持效期长的药。为延缓病菌对唑类杀菌剂抗性的产生，可以考虑将其与咪鲜胺、肟菌酯、烯肟菌胺等药混用，或者直接使用其混配产品，这样用药还能兼治稻瘟病，压低菌源基数，减轻后期稻瘟病发生。
    水稻苗期，一般应掌握在纹枯病发生达防治指标时再用药，发病率低时无需用药。水稻搁田复水后，田间高温、高湿的环境很适合纹枯病发生，田间通常会出现纹枯病发生高峰，应及时掌握在发病初期用药防治。唑类杀菌剂用量过大会抑制水稻生长，但在水稻分蘖末期至拔节初期适当增加用药量，不会对水稻生长产生过度抑制，反而有利于抑制水稻基部节间过度拔长，促进稻株健壮生长，提高后期抗倒伏能力。