番茄是秋季设施蔬菜栽培的主要品种，病害发生严重对产量影响较大，生产上应做好防控工作。
    病毒病 是秋季设施番茄的主要病害之一，毒源有番茄黄化曲叶病毒、烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒，田间可由几种病毒混合侵染造成多种病毒病同时发生。应覆盖遮阳网降低棚温，覆盖防虫网阻隔粉虱、蚜虫、蓟马等传毒害虫；及时中耕，促进根系发育；根据植株长势及天气情况合理浇水，防止徒长；注意平衡施肥，防止植株早衰，增强抗病能力；整枝打杈时先整健株后整病株，接触过病株的手要用肥皂水洗净；适时用色板、药剂防治传毒害虫。
    晚疫病 是番茄上的毁灭性病害，具有发病蔓延流行迅速的特点，不及时防治短时间内即可扩展至全棚。防治该病应注意放风、调控温湿度，避免叶面结露或形成水膜；避免浇水后遇阴雨天，发病后适当控制浇水。发病初期可选用克露72%霜脲·锰锌可湿性粉剂、68%精甲霜·锰锌水分散粒剂、52.5%噁酮·霜脲氰水分散粒剂、25%嘧菌酯悬浮剂等药喷雾防治。
    叶霉病、早疫病 发病重时易造成叶片干枯及减产。防治这两种病应合理调控温湿度，避免浇水后遇阴雨天，发病后适当控制浇水。发病初期可选用40%氟硅唑乳油、10%苯醚甲环唑水分散粒剂、47%春雷·王铜可湿性粉剂等药喷雾。发病前可用硫磺熏蒸器定期熏蒸预防。