油菜菌核病是我国南方油菜主产区常发性病害，在各地病害发展呈上升趋势，防治的措施多种多样，但在发生危害的关键期选准农药防治，是将该病危害损失压到最低限度的有效措施。
油菜花期是最易感病期，关键在于抓住油菜盛花期，即在子囊盘形成和子囊孢子放射高峰期喷药。一般喷药2次，掌握在初发期用好第1次药，7～10天后用好第2次药，2次药后若遇上连续阴雨天，还应设法用好第3次药，其防治指标是：油菜开花期，叶病株率达10%以上，茎病株率在1%时开始喷药防治；偏轻发生年份，在油菜盛花期（即一次分枝开花枝率100%，二次分枝开花枝率30%左右时，进行药剂防治）。
防治油菜菌核病，长期以来各地选用的化学药剂主要是多菌灵和甲基硫菌灵，因长期使用，已在一些地方产生了抗药性，不少地方反映防治效果不太理想，目前市场上注册登记用于油菜菌核病防治的农药较多，可以根据具体情况使用：① 氯啶菌酯。市面上供应的有15%氯啶菌酯乳油，在油菜盛花期，发病前或发病初期，每亩用15%氯啶菊酯乳油50～60克，对水60公斤喷雾，隔7～10天再施药1次，效果好。② 凯泽（50%啶酰菌胺水分散粒剂）是一种苯胺类新型杀菌剂，一般在油菜开花盛期，每亩用凯泽36～48克，对水50公斤喷雾，防效达90%左右。一般年份每亩用药24～36克，发生偏重年份每亩用药36～48克。③ 使百克。常用的有25%使百克乳油，每亩用量为35～45毫升，防治效果达90%左右，明显高于常用药多菌灵和甲基硫菌灵，用药时间选在盛花期至盛花末期用药效果最好。④ 五氯硝基苯。40%五氯硝基苯可湿性粉剂，每亩用药量160～175克，对水30～60公斤，对油菜植株中下部茎叶进行粗点喷雾；或在油菜菌核病初发期拌药土撒施根部附近，防病效果较好。⑤ 50%万霉灵（乙霉威）。一般每亩用量为50%万霉灵可湿性粉剂100克，对水50公斤喷雾，每亩喷药液75～100公斤，防治1～2次。⑥ 菌核净。又名纹枯利。用40%菌核净可湿性粉剂100～150克，对水50～75公斤，每亩喷药液75～100公斤，或用3%菌核净粉剂喷粉，每亩每次用1.5～2公斤，防治1～2次。
此外，近年来，还有腐霉利（速克灵）、三氯异氰尿酸、异菌脲（扑海因）、戊唑醇、敌力脱（丙环唑）等不同类型的药剂等用于防治油菜菌核病，或者将这些农药与多菌灵混用，也可直接使用腐霉利等农药与多菌灵的复配剂等，防治油菜菌核病均有良好效果。
